（一）增值税的征收范围过窄，在税制结构和管理万面存在的问题
1、货币运输收入没征增值税而征了营业税，其实质是对增值税制体系的割裂。因为货物运输是货物生产流通的中介环节，在这个环节不征增值税而征营业税，人为地割断了增值税专用发票链条式管理的税制体系。运输单位购进的配件、修理支出、燃料费用等均属于投入物，本身都负担了增值税，且对运费部分国家也作了准予抵扣10%的规定，而对运费国家只征收3%的营业税，从这个角度看，国家是征了税还是退了税都很难说。作为缴纳增值税企业，对运输费用只扣10%的增值税是扣除不到位，加重了企业增值额的税负，显然，从税制的角度讲，不合理的因素已显而易见。从管理角度来讲，由于运输费用和货物价格划分清，也给税务机关带来了很大的麻烦，尽管国家作了混合销售行为的征税规定，但实际中是很难划分的，作为纳税人来说无论按照一般纳税人计算的税负，还是按小规模纳税人计算的税负，都比营业税计算的税负重要，加之增值税和营业税分别由国税、地税两个税务执法部门分别管理，使国地税两家在这个问题上产生扯皮现象，其实质不是国税、地税两家的问题，而是一个税制问题，只有彻底改革税制才能彻底解决这个问题。
2、建筑业应列入增值税的征税范围。建筑业消耗着大量的建筑材料，而这些建筑材料在我国都属于应征收增值税的货物，只有把建筑业列入增值税的征税范围，才有利于国家对建筑材料销售单位的税收管理，减少销售建筑材料而造成的税收流失。
（二）抵扣范围方面的间题
目前，我国采用生产型增值税，固定资产的进项税额不能抵扣，这对加强控制固定资产投资规模，避免给财政宏观财力平衡造成过大压力，是有积极意义的；但是，生产型增值税使得生产成本中的增值税抵扣不彻底，导致重复征税及税负分配不均问题较为突出，具体表现在：
1、产品价格部分含税，不利于产品的公平竞争。由于外购固定资产所含的增值税不能抵扣，因此产品成本中包含了这部分不能抵扣的增值税。由于行业间的资本有机构成不同，设备的先进性及所含的价值不同，因此体现在产品成本中含税程度也不一样，含税越高，竞争力越差，增值税中性原则没有得到彻底贯彻。这点也不利于我国产品在国际市场竞争和我国外贸的发展。
2、资本有机构成高的行业实际税负高，不利于高科技产业及基础产业的发展。从实际情况看，高科技产业和基础产业因资本有机构成较高，产品成本中固定资产投入的比重较大，按目前生产型增值税征税，由于可抵扣的进项税额少，这些企业所承担的实际税负要高于一般企业。这样的税负结构不利于高科技行业及基础产业的发展，不利手加速企业的设备更新和技术进步，其结果将会加剧我国产业结构失衡。
3、增加税收抵扣的复杂性，不符合税收的效率原则。由于资本性支出的进项税款不能抵扣，在抵扣过程中，要划分资本性支出和非资本性支出，直接的资本性支出不能作进项税款抵扣；还要划分固定资产在建工程的范围，凡属固定资产在建工程范围（包括固定资产大修理、新建、改建、扩建、修缮、装饰建筑物等）耗用的货物和应税劳务，不论其会计制度规定如何处理，购入时其己抵扣的税金，要转作在建工程的成本；此外原材料的运输费用可以按规定的扣除率作为进项税款抵扣。实行生产型增值税带来进项税款抵扣的复杂性，势必造成计算上的漏洞，给征收管理带来困难。
（三）小规模纳税人的增值税征收率问题
1、小规模纳税人的税负不是以增值额计算的税负，征收时不分生产和流通都按6%征税，购进投入物不能扣税，价格中到底包含了多少税金谁也说不清楚，生产货物不同，投入物也不同，成本中所含的税金自然不同，而且小规模纳税人生产的货物无论经过几个生产环节，包括经过批发、零售两个环节进入消费，都要按6%计算征税，这样的重复征税行为和过去的产品税、营业税一样发生了多环节、多次征的重复征税问题，它实质己不是增值税，而成为销售税。
2、税率和征收率不同，产生了增值税不含税价格的扭曲，同样的货物，同样的价格（指含税价，也是消费者见面价），而在征税时的计税价格（指不含税价）却不同，每100元收入（含税收入）征税时，一股纳税人计算的不含税价为85.47元，而小规模纳税人计算的不含税价为94，34元。增值税采用的是发票扣税制的办法，一般纳税人花100元钱购买投入物，成本负担85.47元，可以作为进项税额抵扣的税款是14.53元，如果花100元购进小规模纳税人的货物作为投入物，成本则应负担94.34元，只能抵扣5.66无的税款，同样的投入，则成本负担耍多8.87元，投入物成本提高10.38%.投入物成本提高，相对便增值额降低，而产品出售后还要多交税款10.38元，这样迫使一股纳税人不去购买小规模纳税人的货物，致使两种纳税人双方的业务范围都受到很大限制，这是人为地割断了各种经济主体之间的业务往来，成为阻隔小规模纳税人和一股纳税人经济交往的壁垒，不利于市场经济形势下统一市场的形成，更不利于公平竞争。
